Nuestra Comuna fue zona de tránsito de grupos indígenas que no contaban dentro de sus prácticas culturales la idea de la propiedad o lugar fijo de residencia. Correspondía a una zona de transición Mapuche-Picunche, que tuvo influencia incásica a mediados del siglo XV. Luego, con la llegada de los españoles, formo parte de la Provincia de Concepción (Departamento de Puchacay) conocida como zona de grandes fundos. A partir del año 1600 aproximadamente, llegan familias españolas desde ciudades arrasadas del sur y solicitan asentamiento en estas tierras.

Luego, con el uso frecuente del camino Concepción-Florida-Quillón-Bulnes que conduce finalmente a Chillan, fue también lugar de descanso de los viajeros, quienes debían esperar muchas veces por las inclemencias del tiempo, para cruzar el Río Itata, mediante Balsas. Ante el aumento poblacional en el sector, se construye la Parroquia Inmaculada Concepción de Quillón, que data del año 1832 y que hasta el día de hoy está ubicada frente a la plaza de la ciudad. En torno a la parroquia se fue formando un caserío y ya en 1846 un documento legal da cuenta de los orígenes de Quillón como aldea. Finalmente el 22 de Diciembre de 1891 se funda legalmente la comuna y recién en el siglo XX se definen sus límites territoriales actuales y su dependencia administrativa de la Provincia de Ñuble.

Sobre su nombre no hay seguridad en el origen ni del significado de la palabra pero posiblemente provenga de la voz Mapuche Kelón, nombre que daban al arbusto y fruto llamado maqui, considerado entre los tres árboles sagrados del pueblo Mapuche junto al Canelo y al Laurel. Con estos adornaban “el rewe” , símbolo de madera elaborada que estaba presente en todas sus ceremonias religiosas o solemnes. Quillón significaría entonces “El Maquial” . Otra versión señala que procede de la voz Mapuche Killon , que significa “Mirar por un orificio”.